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☆特許翻訳のDNA☆

特許庁の標準技術集「核酸の増幅及び検出」を英訳していきます。

ご訪問ありがとうございます

特許庁の標準技術集より
核酸の増幅及び検出」
を1行ずつ英訳していきます。

皆様からご教授いただければ幸いです。

 

原文へのリンクはこちら

 ↓↓↓

出典/引用:
標準技術集「核酸の増幅及び検出」(特許庁)
1-1 プローブ・プライマーとして適した配列の選択方法

0062

しかしながら、塩基対をとりえないとき、ゆがんだヘアピンのような構造をとる(出典/参考資料1)。

【訳案1】
However, if the base pairs cannot be formed, DNA has a distorted hairpin-like structure (see Reference 1).
【訳案2】
Without base pairs, however, DNA forms a bent hairpin loop (see Reference 1).

0061

(2)DNAでは一般にアデニン:チミン塩基対、グアニン:シトシン塩基対の組み合わせにより2本鎖構造(dsDNA)をとる。

【訳案1】
(2) DNA typically has a double-stranded structure including adenine-thymine base pairs and guanine-cytosine base pairs (dsDNA).
【訳案2】
(2) In general, adenine-thymine and guanine-cytosine base pairs form a double-stranded structure of DNA (dsDNA).

0060

一般に1次構造は配列、2次構造は局所的な構造、3次構造は全体の構造、複合体の構造が4次構造と定義されている。

【訳案】
In general, a primary structure is defined as a sequence, a secondary structure as a local structure, a tertiary structure as an overall structure, and a quaternary structure as a composite structure.

0059

2次構造
(1)分子内水素結合により核酸分子は規則的な折りたたみ構造をとる。

【訳案】
Secondary Structure
(1) A nucleic acid molecule has a regular folded structure by intramolecular hydrogen bonding.

【用語】
分子内水素結合: intramolecular hydrogen bonding

まとめ 1-1-E

Tm

    (1)Tmは2本鎖核酸が熱変性して1本鎖になる融解温度である。Tmを求めるには核酸の波長260nmの吸光度の温度変化を追跡し、変曲点がその核酸のTmとなる(出典/参考資料1)。

    (2)Tmはおよその経験則があり、以下に示した式で求めることができる。オリゴヌクレオチドのTm値の計算は、

        (a)18bより短いオリゴヌクレオチドの場合:

        Tm=(A+T)×2℃+(G+C)×4℃、

        (b)18b以上の長さのオリゴヌクレオチドの場合:

        Tm=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)-(600/N)、

(※A:オリゴヌクレオチド内のAの数、C:オリゴヌクレオチド内のCの数、G:オリゴヌクレオチド内のGの数、T:オリゴヌクレオチド内のTの数、%G+C:オリゴヌクレオチド内のG+Cの%、N:オリゴヌクレオチドの長さ(mer)、[Na+]:溶液中のNa+濃度(M))。

この式から明らかなように核酸の長さが長いほど、GC含量が多いほど、塩濃度が高いほどTmは上昇する(出典/参考資料2)。なお、PCRの場合、塩濃度は次のルールに従って計算する(出典/参考資料3)。

        (ア)K+イオンはそのまま加算する。

        (イ)Trisイオンは0.67倍して加算する。

        (ウ)Mg2+イオンは計算にいれない。

    (3)また、最近接塩基対モデルによる計算法も提示されている(出典/参考資料4)。最近接塩基対モデルとは次の考え方に基づいている。核酸の塩基対生成に最も影響を与えるのはすでに生成している隣の塩基対であり、2本鎖の安定性は逐次塩基対形成の総和として求めることができる。この計算方法は極めて煩雑であるが、2本鎖の場合、自動プログラムが開発されており、インターネット上で無料ソフトがダウンロードできる(出典/参考資料5)。

    (4)RNAも同様、DNAやRNAと2本鎖を形成することができ、Tmが観測される。同じ配列でみた場合、DNA/RNARNARNA>DNA/DNAの順にTmは低くなる。

    (5)3本鎖核酸の場合は3本鎖が2本鎖から融解する温度も観測することができる。

    (6)ペプチド核酸(PNA)についてもDNA、RNA、PNAとの複合体でTmが観測されている。

    (7)“プローブ・プライマーとして適した配列の選択”でも記述したが、プライマーの設計には、TmをPCRサイクルでまわす温度の上限と下限の間に設定することが重要である。Tmが高すぎるとPCR反応が阻害される。二つのプライマーのTmが異なる場合、とりあえず低い方に合わせてアニーリング温度を設定する(出典/参考資料3)。

 

 【訳案】

Tm

     (1) Tm is a melting temperature at which a double-stranded nucleic acid is thermally denatured into single-stranded nucleic acids.  In order to determine the Tm of a nucleic acid, the change in absorbance at a wavelength of 260 nm as a function of temperature is plotted for the nucleic acid. An inflection point of the plot is the Tm of the nucleic acid (see Reference 1).

    (2) An approximate empirical rule provides the following equation for determining the Tm.  The equation for calculating the Tm is:

        (a) for an oligonucleotide having a length of less than 18b

        Tm(℃)=(A+T)*2+(G+C)*4

        (b) for an oligonucleotide having a length of 18b or more

        Tm(℃)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)-(600/N)

where A is the number of adenines in the oligonucleotide, C is the number of cytosines in the oligonucleotide, G is the number of guanines in the oligonucleotide, T is the number of thymines in the oligonucleotide, %G+C is the percentage of guanine and cytosine in the oligonucleotide, N is the length of the oligonucleotide (mer), and [Na+] is the Na+ concentration in the solution (M).

 

As apparent from this equation, the Tm increases as the length, the GC content, or the salt concentration of the nucleic acid increases (see Reference 2).  For the PCR, the concentration of the salt may be calculated according to the following rules (see Reference 3).

        (i) Add K+ ions as they are;

        (ii) Add Tris ions multiplied by 0.67; and

        (iii) Ignore Mg2+ ions.

    (3) A calculation method using the nearest-neighbor base pair model has also been presented (see Reference 4).  The nearest-neighbor base pair model is based on the following idea.  Formation of a base pair in the nucleic acid is most strongly influenced by an adjacent base pair that has already been formed. The stability of a double strand can be determined by overall sequential formation of base pairs.  Although this calculation method is very complicated, an automatic program for the double strand has been developed and the software program can be downloaded for free on Internet (see Reference 5).

    (4) RNA may also be combined with DNA or RNA to form a double strand. The Tm of the double strand is observed in the same manner.  For a given sequence, the Tm of DNA/RNA is the highest, followed by those of RNA/RNA and then DNA/DNA.

    (5) In the case of a triple-stranded nucleic acid, a temperature at which one of three strands is dissociated from other two can also be observed.

    (6) The Tm has been observed also for a combination of peptide nucleic acid (PNA) and DNA, RNA, or PNA.

    (7) In designing a primer, it is important to set the Tm between the upper limit and the lower limit of the temperature in a PCR cycle, as described in the above section "Method of selecting sequence suitable for probe primer".  An excessively high Tm inhibits the PCR reaction.  If two primers have different Tms, the lower Tm is selected as an annealing temperature for the moment (see Reference 3).

 

0058

二つのプライマーのTmが異なる場合、とりあえず低い方に合わせてアニーリング温度を設定する(出典/参考資料3)。

【訳案1】
If melting temperatures of two primers are different from each other, an anneling temperature is tentatively set to the lower temperature, according to reference 3.
【訳案2】
If two primers have different Tms, the lower Tm is selected as an annealing temperature for the moment (see reference 3).

0057

Tmが高すぎるとPCR反応が阻害される。

【訳案1】
If the Tm is too high, the PCR reaction proceeds insufficiently.
【訳案2】
An excessively high Tm inhibits the PCR reaction.
【訳案3】
A too high Tm causes a poor PCR reaction.

0056

 (7)“プローブ・プライマーとして適した配列の選択”でも記述したが、プライマーの設計には、TmをPCRサイクルでまわす温度の上限と下限の間に設定することが重要である。

【訳案】
(7) In designing a primer, it is important to set the Tm between the upper limit and the lower limit of the temperature during a PCR cycle, as described in the above section "Method of selecting sequence suitable for probe primer".

0055

(6)ペプチド核酸(PNA)についてもDNA、RNA、PNAとの複合体でTmが観測されている。

【訳案】
(6) The Tm has been observed also for a combination of peptide nucleic acid (PNA) and DNA, RNA, or PNA.

【用語】
ペプチド核酸: peptide nucleic acid [ Peptide nucleic acid - Wikipedia ]

0054

(5)3本鎖核酸の場合は3本鎖が2本鎖から融解する温度も観測することができる。

【訳案1】
(5) For a triple-stranded nucleic acid, a temperature can also be observed at which melting of triple helices occurs.
【訳案2】
(5) In the case of a triple-stranded nucleic acid, a temperature at which one of three strands is dissociated from other two can also be observed.

【翻訳メモ】
「3本鎖が2本鎖から融解する」
技術内容的に適訳か不明。

0053

同じ配列でみた場合、DNA/RNARNARNA>DNA/DNAの順にTmは低くなる。

【訳案1】
Given the same sequence, the Tm becomes lower in order of DNA/RNA, RNA/RNA, and DNA/DNA.
【訳案2】
For a given sequence, the Tm of DNA/RNA is the highest, followed by those of RNA/RNA and then DNA/DNA.

0052

(4)RNAも同様、DNAやRNAと2本鎖を形成することができ、Tmが観測される。

【訳案1】
(4) RNA may also be combined with DNA or RNA to form a double strand. The Tm of the double strand is observed in the same manner.
【訳案2】
(4) A double strand, whose Tm is measured, may also be formed of a combination of RNA and DNA or RNA.

0051

この計算方法は極めて煩雑であるが、2本鎖の場合、自動プログラムが開発されており、インターネット上で無料ソフトがダウンロードできる(出典/参考資料5)。

【訳案】

Although this calculation method is very complicated, an automatic program for the double strand has been developed and the software program can be downloaded for free on Internet (see Reference Material 5).

0050

核酸の塩基対生成に最も影響を与えるのはすでに生成している隣の塩基対であり、2本鎖の安定性は逐次塩基対形成の総和として求めることができる。

【訳案1】
Formation of a base pair in the nucleic acid is most strongly influenced by an adjacent base pair that has already been formed. The stability of a double strand can be determined by overall sequential formation of base pairs.

【訳案2】(後半部のみ)
The stability of a double strand can be determined by the total number of base pairs that are sequentially formed.


【翻訳メモ】
「逐次塩基対形成の総和として」は、
1. 逐次行われる塩基対形成の全体的な状態によって
2. 逐次形成された塩基対の総数によって
どちらの意味か不明瞭。