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☆特許翻訳のDNA☆

特許庁の標準技術集「核酸の増幅及び検出」を英訳していきます。

0043

オリゴヌクレオチドのTm値の計算は、
(a)18bより短いオリゴヌクレオチドの場合:
      Tm=(A+T)×2℃+(G+C)×4℃、
(b)18b以上の長さのオリゴヌクレオチドの場合:
      Tm=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)-(600/N)、

【訳案】
The equation for calculating the Tm is:
(a) for an oligonucleotide having a length of less than 18b
     Tm(°C)=(A+T)*2+(G+C)*4
(b) for an oligonucleotide having a length of 18b or more
     Tm(°C)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)-(600/N)

【参考】長さの単位
一本鎖:「b」(base) または「nt」(nucleotide)
二本鎖:「bp」(base pair)
mer: マー;モノマー単位

0042

(2)Tmはおよその経験則があり、以下に示した式で求めることができる。

【訳案1】
(2) There are some approximate empirical rules for determining the Tm. According to one of the empirical rules, the Tm can be determined with the following equation.
【訳案2】
(2) An approximate empirical rule provides the following equation for determining the Tm.

0041

Tmを求めるには核酸の波長260nmの吸光度の温度変化を追跡し、変曲点がその核酸のTmとなる(出典/参考資料1)。

【訳案】
In order to determine the Tm of a nucleic acid, the change in absorbance at a wavelength of 260 nm as a function of temperature is plotted for the nucleic acid. An inflection point of the plot is the Tm of the nucleic acid (see Reference Material 1).

0040

Tm
(1)Tmは2本鎖核酸が熱変性して1本鎖になる融解温度である。

【訳案】
Tm
(1) Tm is a melting temperature at which a double-stranded nucleic acid is thermally denatured into single-stranded nucleic acids.

【用語】
熱変性: thermally denature

まとめ 1-1-D

付加することができる配列

    (1)PCR産物をベクターに挿入する際、二つのプライマーに制限酵素が認識する配列を付加しておかねばならない。さらに、制限酵素は直鎖DNA末端ぎりぎりであると認識しないので、認識する配列の外側にも余分な配列を付加する。その様子を図1に示した。

    (2)なお、付加した配列についてはプライマーのアニーリングに寄与しないので、Tmの計算のとき考慮しない。

    (3)また、PCR産物をベクターに挿入する際、Uを含む配列を付加することもできる。この系でPCR増幅を行った後、ウラシルDNAグリコシラーゼを作用させ、さらにアルカリを作用させると3´側に1本鎖領域が形成される。(ウラシルDNAグリコシラーゼにより脱塩基部位が生成し、それがアルカリで加水分解される機構である。)

    (4)プライマーのTmはPCRに適したものであっても末端にTやAの連続配列がある場合、その連続配列を削除するようにする。これは末端が不安定になり、完全なPCRが行われないためである。

 

【訳案】

Sequence to be added

     (1) When a PCR product is inserted into a vector, a sequence that can be recognized by a restriction enzyme has to be added to each of two primers.  An additional redundant sequence is also provided on the outer side of the sequence to be recognized: otherwise, the restriction enzyme cannot recognize the target sequence since the target sequence is located too close to a terminal of a linear DNA fragment.  Fig. 1 illustrates how the sequences are added to the primer.

    (2) The calculation of the Tm does not take the added sequences into consideration, since the sequences do not contribute to annealing of the primer.

    (3) When the PCR product is inserted into the vector, a sequence containing uracil (U) may also be added.  After a PCR amplification in this system, the resulting product is treated with uracil-DNA glycosylase and then with alkali to form a single-stranded region on the 3'-terminal side (the uracil-DNA glycosylase causes abasic sites to be formed, which are hydrolyzed with alkali).

    (4) If a primer having a Tm suitable for PCR has a sequence of continuous Ts or continuous As at its terminal, the sequence should be removed.  Such a terminal is not stable and interferes with the integrity of the PCR process.

0039

これは末端が不安定になり、完全なPCRが行われないためである。

【訳案1】
This is because such a terminal becomes unstable so that the PCR cannot be successfully achieved.
【訳案2】
Such a terminal is not stable and interferes with the integrity of the PCR process.

0038

(4)プライマーのTmはPCRに適したものであっても末端にTやAの連続配列がある場合、その連続配列を削除するようにする。

【訳案1】
(4) If a primer having a Tm suitable for PCR has a sequence of continuous Ts or continuous As at its terminal, the sequence should be removed.
【訳案2】
(4) Even if a primer has a Tm suitable for PCR, any sequence of continuous Ts or continuous As at a terminal of the primer is preferably deleted.

0037

(ウラシルDNAグリコシラーゼにより脱塩基部位が生成し、それがアルカリで加水分解される機構である。)

【訳案】
(the uracil-DNA glycosylase causes abasic sites to be formed, which are hydrolyzed with alkali)

【用語】
脱塩基部位: abasic site

0036

この系でPCR増幅を行った後、ウラシルDNAグリコシラーゼを作用させ、さらにアルカリを作用させると3´側に1本鎖領域が形成される。

【訳案】
After a PCR amplification in this system, the resulting product is treated with uracil-DNA glycosylase and then with alkali to form a single-stranded region on the 3'-terminal side.

【用語】
ウラシルDNAグリコシラーゼ: uracil-DNA glycosylase [ Uracil-DNA glycosylase - Wikipedia ]

0035

(3)また、PCR産物をベクターに挿入する際、Uを含む配列を付加することもできる。

【訳案】
(3) When the PCR product is inserted into the vector, a sequence containing uracil (U) may also be added.

【用語】
U: Uracil [ Uracil - Wikipedia ]

0034

(2)なお、付加した配列についてはプライマーのアニーリングに寄与しないので、Tmの計算のとき考慮しない。

【訳案1】
(2) It should be noted that no added sequences contribute to annealing of the primer and are thus taken into consideration in calculation of the Tm.
【訳案2】
(2) The calculation of the Tm does not take the added sequences into consideration, since the sequences do not contribute to annealing of the primer.

0033

その様子を図1に示した。

【訳案】
Fig. 1 illustrates how the sequences are added to the primer.

0032

さらに、制限酵素は直鎖DNA末端ぎりぎりであると認識しないので、認識する配列の外側にも余分な配列を付加する。

【訳案1】
An additional redundant sequence is also added to the primer so as to be outwardly adjacent to the sequence to be recognized, since the restriction enzyme cannot recognize a sequence located just near a terminal of a linear DNA fragment.
【訳案2】
An additional redundant sequence is also provided on the outer side of the sequence to be recognized: otherwise, the restriction enzyme cannot recognize the target sequence since the target sequence is located too close to a terminal of a linear DNA fragment.

0031

付加することができる配列
(1)PCR産物をベクターに挿入する際、二つのプライマーに制限酵素が認識する配列を付加しておかねばならない。

【訳案】
Sequence to be added
(1) When a PCR product is inserted into a vector, a sequence that can be recognized by a restriction enzyme has to be added to each of two primers.

【用語】
ベクター: vector [ Vector (molecular biology) - Wikipedia ]
制限酵素: restriction enzyme; restriction endonuclease [ Restriction enzyme - Wikipedia ]

まとめ 1-1-C

長さの調整

    (1)長さとは、この場合、プローブ・プライマーの設計に適したDNA断片の塩基数をさす。

    (2)前項の図2から分かるように、オリゴヌクレオチドの塩基数が多ければ多いほどTmは上昇する。したがって、PCRに使用するプライマーの設計の際、Tmを低すぎず、高すぎずという値に設定しなければならない。Tmは塩基数だけで決定できるものではないが、おおよその塩基数とTmの相関は前項の図に示されており、点線で囲まれた範囲のものがPCRには適しているので、これを参考にGC含量を調整する。なお、この表がなくてもTmを計算予測する経験則が確立されている(出典/参考資料3)。

    (3)プライマーの設計上、長さは15~30塩基程度、望ましくは20~25塩基が適当である。この長さだと鋳型DNAとの特異的なアニーリングが十分だからである。通常DNA合成機で化学合成される。長いと特異性が増すと思われるが、それは誤解でプライマーのTmがアニーリング温度よりも高くなってしまうため、ミスマッチを許した偽ハイブリダイゼーションが増加し、結局、特異性が低下してしまうので注意を要する。一方、短くてもミスマッチが多くなる結果となる(出典/参考資料2)。

    (4)ヒトゲノムの遺伝子総量は30億塩基対だから、単純に計算すると17mer(4の17乗の組み合わせ)まではヒトの遺伝子のどこかに同様な配列が存在する可能性があり、その辺りで特異性が出てくる。ただし、一般的には20mer前後のプライマーがよく使われている(出典/参考資料2)。

 

【訳案】

Adjustment of length

     (1) The term "length" as used herein refers to the number of bases in a DNA fragment suitable for designing a probe primer.

    (2) As can be seen from Fig. 2 in the preceding section, the Tm increases as the number of bases in an oligonucleotide increases.  An appropriate Tm should be selected in designing a primer for a PRC reaction.  Although the Tm depends not exclusively on the number of bases, there is a certain correlation between the number of bases and the Tm.  The correlation is roughly illustrated in Fig. 2 in the preceding section.  Tm values in a range enclosed by a dashed line are suitable for the PCR.  The G-C content may be adjusted in accordance with the data.  Calculation or estimation of the Tm may rely not necessarily on this table; some empirical rules have been established (see Reference material 3).

    (3) The appropriate length of a primer in design is on the order of 15 to 30 bases, desirably 20 to 25 bases, since this length allows the primer to specifically anneal to a template DNA.  The primer and the template DNA are chemically synthesized, typically with a DNA synthesizer.  Note: Although a longer primer seemingly increases the specificity, the specificity decreases in fact since the Tm of the primer is higher than the annealing temperature, increasing a degree of so-called pseudohybridization due to mismatching.  A short primer also may cause significant mismatching (see Reference material 2).

    (4) Since approximately 3 billion base pairs constitute genes in the human genome, there can be two same sequences in the genes for up to 17-mer primers, which has 4^17 combinations, according to a simple calculation.  17-mer or more primers may provide a reliable specificity.  Primers having a length of approximately 20-mer are typically used (see Reference material 2).