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☆特許翻訳のDNA☆

特許庁の標準技術集「核酸の増幅及び検出」を英訳していきます。

まとめ 1-1-A

核酸の増幅および検出

1-1  プローブ・プライマーとして適した配列の選択方法
    (1)ヌクレオチド重合の出発点として機能させるために用いるプライマーは、短い1本鎖RNAまたはDNAのセグメントのことである。したがって、プライマーの設計とそれに対応する諸条件の設定がPCRの成否を決めることになる。
    (2)プローブとは遺伝子、遺伝子産物等の特定の物質、部位、状態などを検出するための分子であり、一般に疾患遺伝子等のDNAまたはその中の特定部位について、DNAの相補性を基礎とした核酸ハイブリダイゼーション法などで解析するためのDNA断片をDNAプローブといい、RNA断片を用いたものをRNAプローブという。
    (3)プローブ・プライマーの設計に注意する点は以下の四つである。
        (a)一つのプローブ・プライマーがアニールする部位は一つとなるよう繰り返し配列に注意する。(図1)
        (b)プローブ・プライマーの末端はGもしくはCにするのがよい。これは末端がAやTだとGもしくはCに比べ、水素結合が弱い(ヘテロ原子と水素原子の間に水素結合は生成するわけであるが、その水素結合はGC塩基対で3本、AT塩基対で2本ゆえ、AT対はGC対に比べて塩基対形成による安定化が低い。)ので、ハイブリダイゼーションしにくくなるためである。
        (c)自分自身の配列の中で相補的になる配列を含まないようにする。プローブ・プライマー自身が二次構造をとらないようにするためである。(図2)
        (d)GまたはCの配列が4連続以上のものをできるだけ選ばない。これはテトラプレックスを防ぐためである。
    (4)プライマーの場合、設計には上記の四つに加え、TmをPCRサイクルでまわす温度の上限と下限の間に設定することが重要である。Tmが高すぎるとPCR反応が阻害されるからである。
    (5)なお、プライマー設計のためのプログラムがwww上で公開されている(出典/参考資料2)。

【訳案】
AMPLIFICATION AND DETECTION OF NUCLEIC ACID

1-1  Method of selecting sequence suitable for probe primer
    (1) A primer that serves as a starting point for nucleotide polymerization is a short, single stranded RNA or DNA segment.  A successful PCR is achieved by an appropriate design of the primer and corresponding condition settings.
    (2) A probe is a molecule for detecting, for example, particular substances, parts, and states of genes and gene products. The term "DNA probe" means a DNA fragment for analysis of generally DNA or particular parts of DNA, such as disease genes, by nucleic acid hybridization based on the complementarity of DNA, while the term "RNA probe" means a RNA fragment intended for the same purpose.
    (3) The following four points should be taken into consideration in designing a probe primer.
        (a) Each individual probe primer should anneal to only one region - so be careful with repetitive sequences (see Fig. 1).
        (b) The probe primer preferably has G or C at its end.  A probe primer having A or T at its end has a weaker hydrogen bond and thus a lower hybridization capacity than those of a probe primer having G or C at its end.  It is here noted that a hydrogen bond is formed between a heteroatom and a hydrogen atom, wherein a GC base pair has three hydrogen bonds, while an AT base pair has two. The AT base pair is thus less stable than the GC base pair when the base pair is formed.
        (c) The probe primer is designed to have no complementary sequences in its own chain, preventing the probe primer itself from forming a secondary structure (Fig. 2).
        (d) It is desirable to avoid selecting a sequence including four or more consecutive Gs or Cs as a probe primer - otherwise, a tetraplex structure can be formed.
    (4) In addition to the above four points, it is also important for the design of a primer to set Tm between an upper limit temperature and a lower limit temperature of PCR cycling, since an excessively high Tm can inhibit a PCR reaction.
    (5) Programs for primer design are published on the World Wide Web (see Reference 2).